Para esta ocasión, antes de borrar la partición de linux, lo que he hecho ha sido entrar en el modo de recuperación de Windows 7 y desde una terminal ejecutado:
bootrec.exe /fixboot
bootrec.exe /fixmb
Al reiniciar ya ha cargado directamente el Windows 7 por lo que se puede eliminar sin preocupaciones la partición de Linux, recuperar el espacio (y evidentemente instalarla de nuevo en otro momento^^).